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全面推行“三證合一”登記制度改革是貫徹落實黨的十八大和十八屆二中、三中、四中全會精神以及國務院決策部署的重要舉措，是推進簡政放權、便利市場準入、鼓勵投資創業、激發市場活力的重要途徑。國務院、有關部門及稅務總局陸續下發了一系列文件，對“三證合一”改革有關工作做出了詳細部署并提出了明確要求。各級稅務機關要站在全局的高度，充分認識“三證合一”改革的重要意義，顧全大局、主動作為，積極采取措施、攻堅克難，認真學習貫徹系列文件精神，加強部門間協作配合，優化各項工作流程，落實崗位工作職責，分解工作任務到人，確保“三證合一”改革順利實施。
根據有關工作部署，2015年10月1日要在全國全面推行“三證合一、一照一碼”登記改革。各地稅務機關要加強與有關部門的溝通協調，強化國稅、地稅之間的協作合作，做好各相關職能部門之間的分工配合，統籌做好改革前后的過渡銜接工作，確保現有登記模式向三證合一、一照一碼”登記模式平穩過渡。
除以上情形外，其他稅務登記按照原有法律制度執行。改革前核發的原稅務登記證件在過渡期繼續有效。
工商登記“一個窗口”統一受理申請后，申請材料和登記信息在部門間共享，各部門數據互換、檔案互認。各級稅務機關要加強與登記機關溝通協調，確保登記信息采集準確、完整。
各省稅務機關在交換平臺獲取“三證合一”企業登記信息后，依據企業住所(以統一代碼為標識)按戶分配至縣(區)稅務機關;縣(區)稅務機關確認分配有誤的，將其退回至市(地)稅務機關，由市(地)稅務機關重新進行分配;省稅務機關無法直接分配至縣(區)稅務機關的，將其分配至市(地)稅務機關，由市(地)稅務機關向縣(區)稅務機關進行分配。
對于工商登記已采集信息，稅務機關不再重復采集;其他必要涉稅基礎信息，可在企業辦理有關涉稅事宜時，及時采集，陸續補齊。發生變化的，由企業直接向稅務機關申報變更，稅務機關及時更新稅務系統中的企業信息。
已實行“三證合一、一照一碼”登記模式的企業辦理注銷登記，須先向稅務主管機關申報清稅，填寫《清稅申報表》(附后)。企業可向國稅、地稅任何一方稅務主管機關提出清稅申報，稅務機關受理后應將企業清稅申報信息同時傳遞給另一方稅務機關，國稅、地稅稅務主管機關按照各自職責分別進行清稅，限時辦理。清稅完畢后一方稅務機關及時將本部門的清稅結果信息反饋給受理稅務機關，由受理稅務機關根據國稅、地稅清稅結果向納稅人統一出具《清稅證明》，并將信息共享到交換平臺。
稅務機關應當分類處理納稅人清稅申報，擴大即時辦結范圍。根據企業經營規模、稅款征收方式、納稅信用等級指標進行風險分析，對風險等級低的當場辦結清稅手續;對于存在疑點情況的，企業也可以提供稅務中介服務機構出具的鑒證報告。稅務機關在核查、檢查過程中發現涉嫌偷、逃、騙、抗稅或虛開發票的，或者需要進行納稅調整等情形的，辦理時限自然中止。在清稅后，經舉報等線索發現少報、少繳稅款的，稅務機關將相關信息傳至登記機關，納入“黑名單”管理。過渡期間未換發“三證合一、一照一碼”營業執照的企業申請注銷，稅務機關按照原規定辦理。
“三證合一”離不開信息技術的支持。各級稅務機關要加大信息化投入，按照統一規范和標準，改造升級相關信息系統，實現互聯互通、信息共享。凡是能夠通過網絡解決的都要充分利用信息化優勢，實現網絡實時傳輸，提高辦事效率;凡是能利用統一信用信息共享交換平臺的，都要通過共享平臺交換并應用企業基礎信息和相關信用信息。
稅務總局將完成統一推廣的綜合征管系統(國稅)、增值稅發票系統升級版、出口退稅系統、金稅三期核心征管軟件等應用系統的改造工作。
各省稅務機關要按照《國家稅務總局辦公廳關于落實國務院統一社會信用代碼建設方案調整相關信息系統的通知》(稅總辦發〔2015〕160號)要求，落實企業納稅人識別號與統一代碼的銜接方案，配合有關單位，搭建省級信息共享交換平臺，并改造自有稅務應用類系統及網上辦稅等系統，實現與稅務總局統一推廣系統的對接。
優化納稅服務，營造良好的稅收工作環境是“三證合一、一照一碼”改革順利實施的重要方面。各級稅務機關要充分利用各種媒體做好“三證合一”登記制度改革政策的宣傳解讀，讓廣大納稅人了解“三證合一”改革的內容、意義，知曉“三證合一”改革帶來的便利，在全社會形成理解改革、關心改革、支持改革的良好氛圍。要積極編制“三證合一”辦稅指南、納稅輔導小冊子、辦稅流程圖等宣傳材料，并放置于登記機關服務大廳，或在稅務機關網站顯著位置公布，方便取用和學習。要加強對稅務干部的培訓，讓廣大干部熟悉新設、變更以及注銷登記等各環節的操作流程，精通改革內容和意義，同時，選派素質高、業務精的工作人員承擔窗口受理工作，不斷提升窗口服務質量。
督查督辦是抓落實的重要手段。各級稅務機關要按照一級抓一級、層層抓落實的要求，加強對“三證合一、一照一碼”改革的督導檢查，及時發現和解決實施中遇到的重點難點問題。要落實“三證合一”改革的績效考核工作，將“三證合一”改革工作列入2015年第四季度績效考核，按照改革的時間表、路線圖考評考核。稅務總局也將適時組織開展“三證合一”改革專項督查，對工作開展不力造成嚴重后果的單位及個人尤其是領導干部進行問責，確保各項工作任務不折不扣地圓滿完成。
為了各地相互借鑒經驗，共同推進“三證合一”改革，稅務總局將編發《稅收征管工作動態(三證合一改革專輯)》，刊載各地改革進展情況。各地要及時將改革動態報稅務總局(征管科技司)。同時，自2015年10月起，每月終了后5日內，各地要將“三證合一”改革相關工作推進情況、具體措施、取得成效、后續監控相關數據及工作中的困難、下一步工作計劃報稅務總局(征管科技司)。各單位要在報送材料后加注聯系人信息(姓名、聯系方式)。報送材料請上傳至稅務總局FTP(征管和科技司/制度處/三證合一目錄下)。
